发现有智慧的外星人，在很多方面，都会是一件彻底震憾人心的事，但对世界各个宗教而言，它尤其会带来特别的两难局面。
基督宗教会最难接受这个消息，因为它的信仰体系并不轻易允许宇宙中有其他智慧生物的存在。
2011年一场由美国国防高等研究计划署在佛罗里达州举办的“100年星舰研讨会”中，许多学者在讨论星际旅行的同时，也论述了有关外星人与宗教的议题。
例如，德国Ruhr大学的哲学教授Christian Weidemann就问道：“耶稣会为了克林贡人而死吗？”（编按：克林贡人是星舰迷航记Star Trek系列电视与电影中的著名外星种族。）
Weidemann教授说：“根据基督教教义，2000年前耶稣被钉上十字架那次事件理应要拯救全体创造物。这么一来，就有冲突了。”
辩论是这么开始的：如果所有的创造物包括1250亿个星系，其中每一个有数千亿个恒星在里面，那么如果这么恒星中有一些拥有适合智慧生命生存的行星，那会发生什么事？
为什么耶稣基督会在这么多被人居住的星球当中，单单来到地球，来拯救地球人，却放弃其他神的创造物呢？
Weidemann教授说自己是个基督教徒，试着提出一些解决方案。也许不像人类，外星人不是罪人，所以不需要救赎。但是，他也承认说，这个说法违背了科学哲学中的平庸原理 （the principle of mediocrity），亦即地球人在宇宙中并没有什么特殊地位，可以称自己自成一格。
既然如此，人类是罪人，外星人也可以推论是罪人，那么，“耶稣也会拯救他们吗？我的看法是，不会。那样一来，我们人类在宇宙的所有智慧生物中的位置就十分特殊了。”
另一个可能性是，上帝多次分身，把自己的某个版本送到个别有人居住的行星上。
然而，根据我们推论得知的宇宙中可能文明数量、以及行星和文明预期存活多久，上帝的分身会必须同时在任何时间点出现在250个地方，假设每一次的肉身显现都要30年之久。
Weidemann教授认为，如果上帝真的在耶稣基督出生时以人的形态肉身示人，那上述推论就不可能了。
来自美国奥克拉荷马州的牧师Thomas Hoffmann说，Weidemann提出的这些课题可说是切中要害。他认为人类万一在别处发现了生命，很不幸地教会内部就必须讨论这个议题。
不过，除了基督宗教外，当发现外星人会激起广泛地灵性探讨时，其他宗教似乎可以游刄有余地面对它。另一位来自德国的神学家Michael Waltemathe就说：“似乎只有基督宗教有这问题。”
在伊斯兰教中，穆罕穆德是一个先知，或神的信使，不是神的肉身化示，因此大可以有很多其他的先知前往别的星球去拯救外星种族。
而印度教或佛教则本来就相信多重神祇的存在，那么派更多神去保护外星文明就不成问题。
当然，发现智慧外星人不太可能对基督宗教造成什么重大危机。Hoffmann牧师就说，毕竟这个宗教渡过科学发现的挑战而存活了下来。
“宗教本质上是保守的。”这位牧师说：“你可以把任何东西放到它面前，吓它一跳，但不久就会不动如初。这在历史上屡见不鲜。”
