自律神经不健康的人，肠道问题也多--肠内细菌失衡会威胁到自律神经如前所述，不是只有大脑会制造出各式各样的荷尔蒙，肠道也会。多巴胺与血清素等就是由肠内细菌制造出来，因此肠内细菌失衡会对自律神经产生影响。
尤其是必须对抗压力、调节自律神经的血清素，有九○%以上都是由肠道制造，大脑制造的仅五%以下。大脑制造的血清素原则上会由大脑调节后，再用来对抗压力或用来制造调整睡眠规律的褪黑激素。
另一方面，人体感受到压力时肠道会合成出血清素，促进肠道蠕动，结果食物还没消化完毕，就藉由腹泻大量排出。稍有紧张就马上腹泻的大肠激躁症，就是基于这种原理造成的。
这是血清素为了抵御压力所作出的防御反应，为的是尽快排出肠内物质，以避免再承受更大的压力或毒素入侵。人体承受压力时，还会从肾上腺分泌出另一种对抗压力的荷尔蒙--皮质醇。
有场实验准备了无肠内细菌的无菌白老鼠，与拥有正常细菌的白老鼠，对其施加相同压力后，发现无菌白老鼠分泌出的皮质醇，是正常白老鼠的两倍以上。反过来说，拥有肠内细菌的白老鼠就是因为抗压力较强，身体产生的反应才比较少。
另外还有一场针对免疫相关物质“免疫球蛋白”的实验，但是这次的实验对象为人类。
首先对实验对象实施五分钟缓慢的刺激后，发现人体花了一小时制造出免疫球蛋白，又花一个小时降低至基准值后，再视情况提升。
接着实施五分钟的愤怒刺激后，人体花了一小时制造出少量免疫球蛋白后，就瞬间降到低于基准值，且迟迟无法恢复原状。
事实上免疫球蛋白负责相当重要的工作--保护肠内黏膜。此外，同样的反应也会出现在全身黏膜上，因此免疫球蛋白不足时会引发鼻炎或变得较易感冒。也就是说，愤怒等负面压力会降低肠道黏膜的作用，间接降低免疫力。
改善肠道环境与压力的恶性循环
以前就已经知道，压力会对肠道造成影响，因此日文中有许多谚语都与这方面有关，例如以“压不住肚子里的虫”表示无法压抑的怒气，或是形容下定决心后不为所动的“腹部很沉稳”。
精神与肠道间的关系出现科学方面的验证后，就可以得知自律神经紊乱会降低肠内黏膜与肠内细菌的平衡，间接导致坏菌增加。
举例来说，太空人长时间关在狭窄船舱里会承受莫大的压力，调查他们接受封闭训练时的粪便，发现拟桿菌门异常增加。
另外调查坂神淡路大地震受灾者的粪便时，也发现念珠菌（霉菌）与假单孢菌属等坏菌增加了。坏菌增加的同时好菌就会减少，使肠内菌丛失衡。
也就是说，肠内菌丛失衡，身体对压力的抵抗力会变差，调整自律神经平衡的血清素合成均衡度也会降低，这两者的失衡会进一步扰乱肠内菌丛平衡，陷入恶性循环。
自律神经失调时，主要受肾上腺素驱动的交感神经，会在接收到刺激时促进肠道分泌正肾上腺素。
肠道因压力而产生的去甲基肾上腺素，称为压力荷尔蒙，目前已知会提高坏菌的病原性。
此外肠内还有一种中间菌，平常不好也不坏，但拥有接收去甲基肾上腺素的开口。中间菌接收到去甲基肾上腺素后会变成坏菌，平常很安份的大肠桿菌也会变得凶恶。这些菌种的攻击除了会降低免疫力，还会进一步破坏神经传导物质的平衡。
所以想治疗或预防自律神经失调时，肠内菌丛的平衡尤其重要，但是无论肠内菌丛多么均衡，只要肠道黏膜（肠壁）很脆弱，仍挡不住不好的物质闯入身体。
因此最重要的是兼顾肠内菌丛平衡与黏膜的健康。
